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ハンガリーには国家の認定を受けた高等教育機関が65校あります。​その内、国立が87パーセント、教会系が6パーセント、私立が7パーセントとなっています。

高等教育機関は、総合大学（egyetem）と専門大学（foiskola）の2種類があり、どちらの高等教育機関でも学士課程（3～4年）、修士課程（1～2年）、博士課程（4年）の3課程があります。
多くの学部において学位は分かれていますが、獣医学、建築学、歯学、薬学、法学、医学など、学士課程と修士課程が統一された学士・修士統合型（一層制）も存在します。学士・修士統合型は10～12学期（5～6年）で構成されており、最終学年末までに300～360単位を取得する必要があります。
博士課程では、4年以内に240単位を取得する必要があり、また、4学期目の最後に、最終試験を受ける必要があります。試験合格後、博士課程の最後の2年間で研究を実施し、研究論文を執筆します。この期間は1年の延長が可能です。
多くの大学では、他の欧州の高等教育機関と共同学位プログラムで提携しており、ダブルディグリーを取得することが可能です。

また、留学生プログラムを提供している高等教育機関は約44あり、外国語プログラム数は約1,300で、そのほとんどは英語で授業を行っています。